Le Secrétariat Général du SSI est basé à Genève, Suisse. Il est une entité juridique reconnue par le droit suisse.
Son Secrétaire Général est actuellement Jean Ayoub. Cadre dirigeant dans le domaine des affaires internationales et humanitaires, Jean Ayoub amène une expérience de plus de 25 ans dans le développement, la gestion des urgences, l'encadrement du personnel ainsi que la gestion des programmes.
Le Secrétariat Général du SSI est en charge d'un certain nombre de tâches collectives en faveur du réseau :